Markaz oʻz faoliyatini Islom hamkorlik tashkiloti, Taʼlim, fan va madaniyat masalalari boʻyicha Islom tashkiloti (ISESCO), Oʻzbekiston Respublikasi Fanlar akademiyasi, Oʻzbekiston Respublikasi Madaniyat vazirligi, Oʻzbekiston Respublikasi Oliy va oʻrta maxsus taʼlim vazirligi, Oʻzbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasi huzuridagi Din ishlari boʻyicha qoʻmita, Oʻzbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasi huzuridagi Toshkent islom universiteti, Oʻzbekiston Respublikasi Milliy kutubxonasi, Imom Buxoriy xalqaro markazi, xorijiy mamlakatlardagi islom tadqiqotlari ilmiy-tadqiqot markazlari bilan oʻzaro hamkorlikda amalga oshiradi.